Fu edificata dal
1481 al
1492 da un ricco genovese di nome Meliaduce Cicala, tesoriere della Camera Apostolica, il quale vi aggiunse un ospedale per i marinari genovesi che approdavano al porto di Ripa Grande. Nel
1533 fu istituita la Confraternita di san Giovanni dei Genovesi (dal
1890 Opera Pia), che amministrò la chiesa e l’ospedale, il quale continuò a funzionare fino a metà del
XVIII secolo.
La chiesa fu rifatta nel
1737 ed i lavori portarono alla realizzazione della facciata con l’aggiunta dell’abside. L’edificio poi subì ulteriori e importanti restauri a metà dell’
Ottocento, con una nuova facciata e modifiche interne.